История компании Sanofi началась в 1973 году, когда у государственной нефтяной компании Elf Aquitaine (англ.)русск. (в 2000 году объединившаяся с Total) было образовано подразделение фармацевтики, косметики и кормов для животных. Первоначально это подразделение состояло из группы поглощённых компаний, но к 1979 году под руководством Рене Сотье (René Sautier), главы подразделения, была сформирована централизованная фармацевтическая компания. В первой половине 1980-х годов Sanofi вышла на рынки США и Японии. В 1983 году у компании появился крупнейший во Франции исследовательский центр в области биотехнологий[8]. В 1999 году Sanofi, на тот момент вторая крупнейшая фармацевтическая компания Франции, объединилась с третьей, Synthélabo, контролируемой L’Oréal. Объединённая компания получила название Sanofi-Synthélabo, её основными акционерами были L’Oreal и Total; после слияния были проданы подразделения косметики и ветеринарной продукции[9].

Aventis была образована в 1999 году, когда Rhône-Poulenc S.A. объединился с Hoechst Marion Roussel. Объединенная компания базировалась в Шилтигайме (Schiltigheim), вблизи Страсбурга, Франции. Сельскохозяйственное подразделение Rhône-Poulenc, известное как Aventis CropScience, после слияния с Hoechst, было продано Bayer в 2002 году. В 1998 году химическое подразделение Rhône-Poulenc было выделено в независимую компанию Rhodia.


Логотип компании Sanofi-Aventis
20 августа 2004 года компании Sanofi-Synthelabo и Aventis объединились. С этого времени Sanofi-Synthelabo владеет 95,47 % акционерного капитала Aventis[10]. Ранее в 2004 Sanofi-Synthélabo предложила €47,8 млрд за Aventis, но это предложение было отвергнуто. Трехмесячное сопротивление закончилось, когда Sanofi-Synthélabo повысило сумму до €54,5 млрд. Вмешательство французского правительства также играло активную роль. Французское правительство оказало давление на Sanofi-Synthélabo, поспособствовав повышению цены за Aventis, после того как стало известно, что компания Novartis также намерена сделать предложение.

С апреля по конец июня 2018 года Sanofi вела переговоры по продаже чешского дженерикового подразделения Zentiva компании Advent[11]. 30 сентября 2018 года договор по продаже вступил в силу. Сумма сделки составила €1,9 млрд. В пресс-службе Sanofi заявили, что продажа Zentiva являлась частью стратегии по оптимизации структуры компании[12].